自分も経験したことあるけど、お客様のところで遭遇して手を焼いた。
ある日突然、「システムファイルが見つかりません」というようなエラーメッセージが出て、起動できなくなってしまうという現象。
リカバリ(初期化)すると直るものの、ネットでWindowsを更新していくと、ある時点で同じ状態になる。
まず疑うのは、PCメーカーで組み込んでいるアプリケーションとの相性。PCメーカーのサイトで情報を確認するのが必須。
それで不具合が報告されていなければ、HDDを疑う必要がある。
詳細は不明だが、HDDが故障すると同様の現象が起きるのだ。
自分の時も、今回のお客様のときもHDDの交換で改善した。
HDDは比較的、価格が下落する一方で性能は向上する傾向があるので、HDDの故障が疑わしい時には、思い切って交換を検討してみるのが吉。