アニメーション制作会社『トップクラフト』を母体として、1985年6月に『徳間書店』の出資により株式会社として設立された。
以後、徳間書店に吸収されたり改めて分割され、2005年4月に完全に独立した。
独立時の代表取締役社長には、アニメ専門誌『アニメージュ』の二代目編集長だった鈴木敏夫氏が就任し、「スタジオジブリは、宮さん(宮崎駿)の作品を作るためのスタジオ」と発言したとされる。そのため、宮崎駿氏が引退したら解散、あるいは大量に辞めるスタッフが出るのではという憶測が業界内にあり、有能なスタッフを引き抜こうと他のスタジオが狙っているらしい。
実際、劇場作品以外のテレビ作品も請け負ったりしているものの、メインとしてテレビシリーズを手がけたりしていないため、スタッフの技術に偏りがあり、『新世紀エヴァンゲリオン』のＴＶ版を請け負ったさいには、庵野秀明監督からはジブリが得意とする日常生活のシーンを割り振られた。
また、演出家が育っていないことから、宮崎氏の後継者が不在という問題を抱えており、後継者と目されていた近藤喜文氏(代表作『耳をすませば』)が、1998年1月21日に47歳の若さで逝去して以来、その状況は変わっていないようだ。
『ジブリ』という名称は、サハラ砂漠に吹く熱風を意味する「ギブリ(Ghibli)」に由来しているが、宮崎氏が発音を「ジブリ」と思い込んだまま付けられた模様。
なお、『スタジオジブリ』の名称は社名だけでなく、主に劇場用長編作品のレーベル名としても使用されている。
